基因blast序列比对步骤
如何查找已知序列再基因组的位置？
如何查找已知序列再基因组的位置？
一：先要知道你要的是什么基因,也就是什么部位的,如线粒体里的等等二：调取近缘种相关基因的序列.三：在NCBI里做一个BLAST.四：选取所要基因的保守序列.五：在BioEdit生物分析软件里查找所需的DNA序列即可!
如何用一段基因序列设计引物blast？
NCBI上有个primer blast，输入引物序列，选择物种就可以了
NCBI中primer-blast使用方法？
NCBI中primer-blast使用方法？
Q-PCR是生物学研究中的一项重要技术，用以检测基因表达的变化。其原料之一引物是需要研究者根据自己的研究对象进行设计的，这里介绍在NCBI里设计Q-PCR引物的方法。
1、首先打开NCBI，选择“Nucleotide”，并在搜索框输入基因名。一般用目标基因的突变体1去设计引物，也就是要选择目标基因的“transcript variant 1, mRNA ”,没有1就用2、3，以此类推。因为是Q-PCR，所以要去掉内含子，因此用mRNA。
2、从上一个页面点击FASTA，可以看到mRNA的序列。
3、搜索“NCBI BLAST”并点击进入，可以看到如下界面，往下拉。
4、点击进入Primer-BLAST
5、从第二步的页面复制序列或者序列号，粘贴在第一个框里。修改产物长度，即“PCR product size”,一般为100-200之间最好。还要选择“Exon junction span”为“primer must span an exon-exon junction”,这是为了排除DNA污染。其它的参数都可以不改。
6、把网页往下拉到底，点击左下角的“Get Primers”，耐心等待几分钟，网页就会弹出设计好的引物。
7、最后一步就是选择引物了。要选择自我配对和互相配对度低，产物长度尽量小的等等。需要指出的是，要注意看引物对非目标基因的检测潜力，如果它对于目标基因相似基因扩出的产物长度与目标产物长度一样长，这个引物的非特异性就很强，不能要。
不知道基因序列怎么设计引物？
1、引物长度一般在15-30bp。常用的为18-27bp，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。
2、引物GC含量一般为40%-60%， 45-55%为宜，GC含量过高或过低都不利于引发反应，上下游引物GC含量和Tm值要保持接近，一般Tm值不超过5℃。
3、引物所对应的模板序列的Tm值在55-80℃之间，最好为72℃左右。
4、引物的延伸是从3′端开始的，不能进行任何修饰，且 3’端的碱基一般不用A；引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，或者引物3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。
5、碱基要随机分布，且引物自身和引物之间不能有连续4个碱基的互补。
6、尽量在基因的编码区（CDS序列）上设计引物，限制基因组DNA扩增。
7、使用BLAST检索，确认引物特异性。